Geboren 1977 in Mulhouse, beginnt Jonathan Nubel im Alter von 6 Jahren Violine zu spielen. Mit 14 Jahren entdeckt er die Barockvioline und spielt erst autodidaktisch und hat später Unterricht am Conservatoire de Strasbourg, wo er ein Diplom mit Spezialisierung in Alter Musik erwirbt. Parallel dazu nimmt er an den Orchester- und Kammermusiksessionen der Schola Cantorum Basel teil.
Seit 2000 ist er in spezialisierten Ensembles in zahlreichen Produktionen in Europa engagiert. Sein Repertoire reicht von der Renaissance bis zur Klassik. Er spielte unter der Leitung von Tom Koopmann, Christophe Coin, Barthold Kuijken, Martin Gester und begleitete Mireille Delunsch, Vivica Genaux, Sandrine Piau.
Aktuell ist Jonathan Nubel in den Ensembles Les Paladins, Ensemble baroque du Léman und Moment Baroque (Konzertmeister seit 2014) zu hören, er ist Gründungsmitglied der Cappella Argentorata (gegründet 2016).
Jonathan Nubel hat an Meisterkursen im Libanon und Polen unterrichtet und an zahlreichen CD-, Radio- und Fernseh-Aufnahmen teilgenommen (France Musique, Arte, RSR).
Parallel zu seiner Aktivität als Musiker absolvierte Jonathan Nubel an der Université de Strasbourg ein Studium in Musikwissenschaft, welches er mit einem Doktortitel 2007 abschloss. Er unterrichtete Musikgeschichte der Sakralen Musik und Hymnologie und war 2010 Preisträger der Paul Sacher Stiftung. Sein Forschungsfeld reicht von der Musik der Reformation (Deutsche Kantate, Hymnologie der Reformation) bis zur zeitgenössischen Musik (Komponisten der deutschen Ära, zeitgenössisches Repertoire für historische Instrumente.
Jonathan Nubel engagiert sich auch in der Musikvermittlung für das grosse Publikum im Rahmen von Vorträgen und Konzerteinführungen (Philharmonie de Paris).